蒙哥汗即帝位后，任命忽必烈管理“漠南汉地军国庶事”。忽必烈把自己的营帐从漠北移到桓（内蒙多伦）、抚（内蒙兴和）之间，大事招徕汉族地主士大夫。蒙哥汗在四川战死后，忽必烈即位，立即建元中统，并设置中书省等机构，用以表示采用“汉法”，实行改革的决心。当时蒙古统治集团中以“西北藩王”为首的保守势力，认为忽必烈“遵用汉法”，就是违反“本朝旧俗”，专门派遣使者前来责问。随后发生了乃颜（成吉思汉异母弟别里古台的后裔）和海都（窝阔台之孙）叛乱事件，规模很大，连续数十年，这是蒙古统治集团内部要求革新和守旧两股政治势力之间的斗争。最后忽必烈取得了胜利。
元朝军事制度是蒙古旧制和中原王朝军制的结合体。忽必烈建国后，保留了成吉思汗创立的四怯薛轮番入侍宿卫制度。元朝宿卫军队一般在万人以上，由皇帝或亲信大臣直接节制。担任京城(大都和上都)防卫的军队是侍卫亲军，到元末曾先后设置三十余卫，卫设都指挥使或率使，隶属于枢密院。镇守全国各地的是镇戍军。军队有蒙古军、探马赤军、汉军、新附军等。
蒙古以游牧民族而入主中国，所凭藉的是强盛的武力。统一全国后，元室唯恐汉人不服，遂施行高压的统治方式。即：强分民族等级：元朝把全国人民，分为蒙古人、色目人(包括西域、中亚各族人和西夏人)、汉人(包括北方曾受辽金统治的汉人、契丹人、女真人)、南人(原来南宋境内的汉人及其他部族)四等。在政治上，规定中央和地方高级官吏，必须由蒙古人或色目人担任，汉人最多只能做到副职。在法律上，蒙古人无故杀死汉人、南人，只是罚钱了事；汉人或南人杀死蒙古人，常会受到灭族的处分。实行军事管制：元朝为了加强对汉人的防范，在全国各地置兵驻防。又立里甲制，以二十家为一甲，蒙古人为当然「甲主」，负责监视全甲居民。禁止汉人、南人打造和私藏武器，不得打猎、聚众、学习武艺，其至不准夜行。掠夺民间财富：蒙古人习惯了游牧生活，在灭金亡宋初年，曾大量夺取农民耕地，改做牧场；民间的马匹，都被没收充作军用。统一中国后，对民众徵收的苛捐杂税更层出不穷。农具、盐、茶、酒、醋等日常用品，全部收归国营。压抑士人地位：蒙古人自身文化水平较低，鉴于汉族传统士人地位高、影响大，难以管理，便加以打击。据部分载籍所云，当时社会的职业有官、吏、僧、道、医、工、猎、倡、儒、丐十等，儒生的地位仅在乞丐之上。元的高压政策，在政治、军事、经济、文化等方面都造成不少负面的影响，加速了自身的灭亡。
元朝的军、政体制与前代相比是较为健全的。中央政府的军、政统治机构，主要由中书省、枢密院、御史台构成。中书省领六部，主持全国政务，枢密院执掌军事，御史台负责督察。地方行政机构，分别为行省、路、府、州、县。行省是朝廷委派重臣到各地署事，行使中书省职权的简称。以后行省由中央临时派出机构转为地方常设的最高行政机构。除中书省直辖的腹里(河北、山东、山西)和宣政院管理吐蕃以外，元朝在全国设有岭北、辽阳、河南、陕西、四川、云南、甘肃、江浙、江西、湖广等十个行省。行省握有很大权宪，统辖路、府、州、县的政务，钱粮、兵甲、屯种、漕运、军事等等。元代行省制度是自秦汉以来中央集权制度的一个重大发展
元世祖忽必烈经过残酷的政治斗争，最终登上皇帝的宝座。他整兵修武积极备战，于公元1253年灭大理，1276年灭南宋。尔后大力改革政治体制，为了加强中央集权，废除行中书省机构，在地方上设立三司，分掌地方行政、司法、军政，三司之上设巡抚，为一省最高行政长官，但三司的任命直接由皇帝亲封。
三司分别为，承宣布政使司，简称布政司，掌民政、财政；都指挥使，简称都司，掌军队；还有一个就是提刑按查司，简称按查司，掌管一省的刑狱。
忽必烈废除丞相，由六部分理朝政，六部最高长官为尚书，直接对皇帝负责，这样一来皇帝大权独揽，当真是说一是一，说二是二。
世祖忽必烈有设立特务机构，加强对官吏的监视和对人民的镇压。这个机构就是臭名昭著，人人谈之变色的“十三衙门。”由皇帝直接指挥，不对外公开，不受其他部门管辖。
十三衙门兼管侦察、逮捕和审讯事物，办事效率出奇的好，进了十三衙门还没有完整无损的出来的，不死也得脱层皮。大量的特务渗透到各级官员的家中和一些地方豪强的府内，官吏豪强的一举一动都在皇帝的监视之下，一有反意马上被满门抄斩。
有一次忽必烈宴请众官，问户部尚书鱼朝恩，昨夜亥时一刻都说过什么话，半了什么事。
鱼朝恩不知虚实，慌了手脚，吓的面如土色，以头触地连称罪辰该死。
忽必烈哈哈大笑，亲手扶起鱼朝恩说：“爱卿不必惊慌，昨夜亥时爱卿酒后与小妾谈话。爱卿忽然大笑，小妾惊问其故，爱卿道，昔日秦皇汉武唐宗宋祖，文治武功皆属不凡，为后世人无限景仰，但照比吾皇差之万里。想吾皇内修正道、以仁孝治天下，而今府库充盈，甲兵锐利，百姓安居乐业，士子心向朝廷报效国家，此皆吾皇之功也。对外天兵所到之处，番邦望风而降，俯首贴耳不敢仰视天朝。想我大元疆域之大，横跨欧亚，较任何朝代都大，此皆赖吾皇英明神武，吾皇实为千古一帝。”
鱼朝恩的话虽有夸大不实之处，但大多言之非虚。
忽必烈从何的知的呢？原来有一名特务，早就潜伏在鱼府很长时间。昨夜特务伏在鱼朝恩所在的屋外，把他所说的话一字不拉听在耳内记在心中，随后并明忽必烈。
鱼朝恩听完忽必烈的话，这才深出一口气，谢天谢地没说皇上的坏话，不然项上这颗吃饭的家伙早就搬家了。没想到皇上竟然知道自己与小妾的对话，看来以后要夹起尾巴做官，凡事要万分小心，以免祸从口出。恩，昨夜没有他人，莫非春儿是皇上那边的人，以后一定把她伺候好，伺候她要比老娘还要上心。轻轻擦去头上的冷汗，鱼朝恩叩头说：“非是臣恭维圣上，实乃圣上所取得的功绩震古烁今，臣想遍所有的词汇都不足以形容陛下的圣明。”
忽必烈虽为一代明君，但是人就喜欢别人对自己溜须拍马戴高帽，谁不爱听别人说自己的好话呢？俗话说酒后吐真言，这些话都是鱼朝恩酒后所言，足见他对皇上忠心耿耿。当下忽必烈龙颜大悦，赐予鱼朝恩文银五千两。
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